Cytoscape

Classé dans : Linux, MacOs, Windows | 0

cy32-release1Cytoscape is an open source software platform for visualizing molecular interaction networks and biological pathways. It enables to integrate these networks with annotations, gene expression profiles and other state data. Cytoscape is most commonly used to construct molecular interaction networks, but it can be used to visualize and analyze network graphs of any kind involving nodes and edges.
Cytoscape core distribution provides a basic set of features for data integration, analysis, and visualization. Additional features are available as Apps that may be developed by anyone using the Cytoscape open API based on Java™ technology.
Cytoscape 3 is the mainstream version of Cytoscape with modular architecture.

 

http://www.cytoscape.org

 

Spécifications fonctionnelles

  • april 15, 2016
  • windows – Linux – Mac OS
  • Open source – Free

Fonctions d’Analyse

  • Calcul de clusters
  • Mesures de centralité (closeness – betweeness – degree)
  • Clustering coefficient
  • Excentricité
  • Diamètre et rayon du réseau
  • Nombre moyen de voisins
  • Moyenne du plus court chemin pour chaque nœud
  • Densité et hétérogénéité du réseau
  • Nombre de noeuds, liens, noeuds isolés, ‘self-loop’, multi-edge node pairs

Fonctions de Visualisation

  • Visualisation des clusters
  • grouper les éléments
  • filtrer la vue
  • choix du layout
  • orienter les liens
  • Personnalisation de la taille, couleur, forme des noeuds, liens et flèches
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