Engagé dans le renouvellement méthodologique autour des « systèmes complexes », l’XSYS permet de fédérer et de réconcilier autour d’une approche convergente les process, les concepts et les lois régissant les mondes complexes que les Sciences de la Vie (SDV), Sciences Humaines et Sociales (SHS) et Sciences Physiques de l’Ingénieur (SPI) comprennent dans leurs propres champs d’expertise.

Pour permettre d'accélérer cette ré-intégration des différentes disciplines, l’XSYS a défini des Thèmes de Recherche Transversaux (TRT) en lien avec les priorités de ses parties prenantes. Les TRT constituent des champs exploratoires qui permettront de compléter l'armature théorique des sciences de la complexité, d’inventer des pratiques plus intégrées notamment entre expérimentations et modèles et de poser de nouvelles questions de recherche dans un esprit d'approfondissement par le développement de recherches interdisciplinaires intégrant les expertises croisées des 6 domaines scientifiques représenté dans l’XSYS.

Depuis plusieurs années, les équipes de l’XSYS sont ainsi impliquées dans des travaux de recherche qui dépassent les limites de disciplines spécifiques et permettent d’ébaucher de nouvelles frontières de la connaissance scientifique.